Borelioza z Lyme ma charakter choroby postępującej, w której można wyodrębnić kolejne jej stadia. Objawy dotyczą wielu układów i mogą się pojawiać z różnym nasileniem. Zakażenie może przybierać formy od bezobjawowego do ciężkich przypadków z nieodwracalnymi zmianami najczęściej w obrębie układu nerwowego i stawowego.

We wczesnej fazie (I stadium), po kilku dniach lub tygodniach od chwili zakażenia, pojawia się rumień wędrujący i inne miejscowe zmiany, którym mogą towarzyszyć objawy grypo-podobne. W II stadium (zakażenie rozsiane) dochodzi do zakażenia wielu narządów i układów; pojawiają się dolegliwości ze strony ośrodkowego lub obwodowego układu nerwowego, układu kostno-stawowego lub układu krążenia. Późna borelioza z Lyme charakteryzuje się nieodwracalnymi zmianami stawowymi, uszkodzeniem układu nerwowego w postaci encefalopatii lub uszkodzeniem nerwów czaszkowych, obwodowych, a także przewlekłym zanikowym zapaleniem skóry.